Пропидия йодид (PI) образовывать крепкие связи с ДНК, давая излучение в красном диапазоне при встраивании в двухцепочечную ДНК. Эта особенность используется для окраски ДНК клеток. Краситель не способен проходить сквозь оболочки живых клеток, не имеющие повреждений, но попадает внутрь через разрушенные мембраны омертвевших клеток, а также клеток в позднем апоптозе. С учетом этой характеристики, пропидий йодид применим вместе с флуоресцентными зондами (Calcein-AM, FDA) для окраски омертвевших клеток и наблюдения за ними.
Раствор для окрашивания на основе пропидия йодида представляет собой готовый к использованию флуоресцентный раствор с концентрацией 100 мкг /мл. Применим для разметки ядер мертвых клеток. Одного флакона хватает примерно на 500 окрашиваний.