Секвенаторы ДНК 2-го поколения NGS

NGS-секвенаторы (секвенаторы 2 поколения, секвенаторы нового поколения) – современные высокопроизводительные автоматические устройства, предназначенные для быстрого и качественного определения первичной последовательности нуклеиновых кислот методами NGS-секвенирования (next generation sequencing). Дальнейшее развитие технологий секвенирования реализуется внанопоровых секвенаторах 3 поколения.
Каталоги, статьи, видео
Каталоги
Видео
Фильтр
развернуть все
Все производители
Все категории
Производительность, Гб
Напишите значения в полях
От
До
(3)
Пока нет данных. Перейти в каталог
Фильтр
Доступность
  • На складе
  • В транзите и на складе
  • Все товары
SQ00003
По запросу

Настольный высокопроизводительный NGS-секвенатор (аналог HELICON® G50) для различных применений. Имеет возможность проведения генерации кластеров ДНК и секвенирования в одном приборе, без выполнения ручных операций. Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений

Основные применения высокопроизводительного NGS-секвенатора GenoLab M

(аналог HELICON® G50) ()
  • секвенирование экзома;
  • секвенирование полных геномов;
  • таргетное секвенирование (ампликоны, панели генов);
  • секвенирование транскриптомов;
  • метагеномное секвенирование;
  • анализ степени метилирования ДНК;
  • анализ ДНК-белковых взаимодействий;
  • секвенирование свободно-циркулирующей ДНК;
  • НИПТ, ПГТ-А.

Характеристики NGS-секвенатора GenoLab M

(аналог HELICON® G50)
  • количество рабочих ячеек секвенатора, шт. – 2;
  • возможность запуска двух ячеек независимо (запуск второй ячейки во время текущего запуска первой ячейки);
  • возможность управления прибором с помощью сенсорного экрана;
  • количество типов нуклеотидов, одновременно подаваемых в реакционный модуль в каждом цикле секвенирования – 4;
  • максимальное количество прочтений на одну ячейку, млн – 500;
  • максимальная производительность за один полный запуск прибора, Гб – 300;
  • поддержка одноконцевых и парноконцевых прочтений;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при чтении с одного конца, нуклеотидов – 150;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при парноконцевом чтении, нуклеотидов – 300;
  • максимальное время, необходимое для полного цикла работы прибора (включая генерацию кластеров, секвенирование ДНК и первичный анализ данных), ч – 72;
  • поддержка библиотек TruSeq и Nextera;
  • средняя точность прочтения по результатам всего запуска (Q30) – 80% оснований с точностью прочтения 99,9%;
  • требования к сети – 220 В; 50/60 Гц;
  • габаритные размеры (Ш×Г×В), мм – 1200×685×595;
  • вес, кг – 280.

Комплектация секвенатора GenoLab M

  • секвенатор;
  • стартовый набор для инсталляции и обучения;
  • набор для секвенирования (на выбор в зависимости от задач пользователя);
  • источник бесперебойного питания;
  • управляющий ПК (Операционная система — Windows 10 Pro, CPU:Xeon SR 4216, Память: 192 DDR4; Hard Disk 1: 1 TB SSD; Hard Disk 2:10 TB HDD);
  • монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
  • гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).
SQ00020
New
27 360 000, руб.
Подобрать аналог

Настольный NGS-секвенатор (аналог секвенатора ДНК 2-го поколения MiSeq) средней производительности для различных применений. Рекомендуется для секвенирования небольших геномов и таргетного секвенирования ампликонов и панелей генов. Имеет возможность проведения генерации кластеров ДНК и секвенирования в одном приборе, без выполнения ручных операций. FASTASeq 300 является одним из самых быстрых секвенаторов, минимальное время секвенирования и обработки данных составляет 4,5 часа. Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений.

Основные применения системы для секвенирования FASTASeq 300 (аналог секвенатора ДНК 2-го поколения MiSeq)

  • Секвенирование экзома;
  • секвенирование полных геномов;
  • таргетное секвенирование (ампликоны, панели генов);
  • секвенирование транскриптомов;
  • метагеномное секвенирование;
  • анализ степени метилирования ДНК;
  • анализ ДНК-белковых взаимодействий;
  • секвенирование свободно-циркулирующей ДНК;
  • НИПТ, ПГТ-А.

Характеристики системы для секвенирования FASTASeq 300 (аналог секвенатора ДНК 2-го поколения MiSeq)

  • Количество рабочих ячеек секвенатора, шт. — 1;
  • количество независимых дорожек в ячейке для секвенирования, шт. — 4;
  • возможность управления прибором с помощью сенсорного экрана — наличие;
  • количество типов нуклеотидов, одновременно подаваемых в реакционный
  • модуль в каждом цикле секвенирования — 4 нуклеотида;
  • максимальное количество прочтений на одну ячейку, млн — 250;
  • максимальная производительность за один полный запуск прибора, Гб — 75;
  • поддержка одноконцевых и парноконцевых прочтений — наличие;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при чтении с одного конца, нуклеотидов — 150;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при парноконцевом чтении, нуклеотидов — 300;
  • максимальное время, необходимое для полного цикла работы прибора (включая генерацию кластеров, секвенирование ДНК и первичный анализ данных), ч — 24;
  • поддержка библиотек TruSeq и Nextera — наличие;
  • средняя точность прочтения по результатам всего запуска (Q30) — 80% оснований с точностью прочтения 99,9%;
  • требования к сети — 220 В; 50/60 Гц;
  • габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 684×644×615;
  • вес, кг — 145.

Комплектация системы для секвенирования FASTASeq 300

  • Секвенатор;
  • стартовый набор для инсталляции и обучения;
  • источник бесперебойного питания;
  • управляющий ПК (Операционная система — Windows 10 Pro, CPU:Xeon SR 4216, Память: 192 GB DDR4; Hard Disk 1:446 GB SSD; Hard Disk 2:3,31 TB HDD);
  • монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
  • гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).
  • Система для высокопроизводительного секвенирования FASTASeq 300, GeneMind, Китай
SQ00023
New
84 000 000, руб.

SURFSeq 5000 (аналог HELICON® G400) — первый полногеномный NGS-секвенатор в линейке приборов, выпускаемых китайской компанией GeneMind. Благодаря наличию двух проточных ячеек и увеличенной общей производительности в 1200 Гб, на этом приборе можно отсеквенировать до 8 полных геномов человека за запуск. Также прибор рекомендуется для секвенирования экзомов и транскриптомов (около 100 за запуск) и секвенирования единичных клеток. Секвенатор работает по технологии SURF-seqTM (секвенирование осуществляется с использованием четырех меченых разными флуорофорами нуклеотидов, 3′-конец которых заблокирован (обратимые терминаторы). Генерация кластеров ДНК, секвенирование синтезом и детекция флуоресценции происходят в одном приборе, без выполнения ручных операций.

В данной модели секвенатора реализована функция параллельного запуска ячеек, т.е. можно запустить секвенирование образцов на второй ячейке, во время работы прибора, не дожидаясь окончания секвенирования первой ячейки.

Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений.

Основные применения системы секвенирования SURFSeq 5000 (аналог HELICON® G400)

  • Секвенирование экзома (WES);
  • секвенирование полных геномов (WGS) в том числе человека;
  • таргетное секвенирование (большие панели генов 5-10 гб/образец);
  • секвенирование транскриптома (RNAseq);
  • метагеномное секвенирование (mNGS);
  • анализ степени метилирования ДНК (WGBS).

Характеристики системы секвенирования SURFSeq 5000 (аналог HELICON® G400)

  • Количество рабочих ячеек секвенатора, шт. — 2;
  • количество дорожек в ячейке для секвенирования, шт. — 4;
  • возможность управления прибором с помощью сенсорного экрана — наличие;
  • количество типов нуклеотидов, одновременно подаваемых в реакционный модуль в каждом цикле секвенирования, нуклеотида — 4;
  • максимальное количество прочтений на одну ячейку средней производительности (FCM), млн — 500;
  • максимальное количество прочтений на одну ячейку высокой производительности (FCH), млн — 2 000;
  • максимальная производительность за один полный запуск прибора, ГБ — 1200;
  • поддержка одноконцевых и парноконцевых прочтений — наличие;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при чтении с одного конца, нуклеотидов — 150;
  • максимальная длина считываемого фрагмента ДНК при парноконцевом чтении, нуклеотидов — 300;
  • максимальное время, необходимое для полного цикла работы прибора (включая генерацию кластеров, секвенирование ДНК и первичный анализ данных), ч — 47;
  • поддержка библиотек TruSeq и Nextera — наличие;
  • средняя точность прочтения по результатам всего запуска (Q30) — 85% оснований с точностью прочтения 99,9%;
  • требования к сети — 220 В; 50/60 Гц;
  • габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 1090×690×810;
  • вес, кг — 240.

Комплектация системы секвенирования SURFSeq 5000

  • Секвенатор;
  • стартовый набор для инсталляции и обучения;
  • источник бесперебойного питания;
  • управляющий ПК;
  • монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
  • гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

  • Система для высокопроизводительного секвенирования SURFSeq 5000, GeneMind

NGS-секвенаторы (секвенаторы 2 поколения, секвенаторы нового поколения) — современные высокопроизводительные автоматические устройства, предназначенные для быстрого и качественного определения первичной последовательности нуклеиновых кислот методами NGS-секвенирования (next generation sequencing). Дальнейшее развитие технологий секвенирования реализуется в нанопоровых секвенаторах 3 поколения.

Технологии секвенирования 2 поколения

Определение последовательности нуклеиновых кислот методами высокопроизводительного секвенирования представляет собой одновременное (параллельное) прочтение последовательности нескольких миллионов разных (относительно коротких) фрагментов исходной ДНК.

Достоинства NGS: высокая производительность, низкая стоимость на один нуклеотид, возможность таргетного, экзомного или полногеномного исследования, возможность секвенирования без каких-либо априорных знаний о последовательности ДНК.

Недостатки NGS: высокая стоимость некоторых реагентов, большая длительность прогона (некоторые модели), ошибки в GC-богатых участках (решается ресеквенированием методом Сэнгера), сложная обработка полученных данных, ограниченные возможности выявления крупных делеций, инсерций, транслокаций (решается методом сравнительной геномной гибридизации).

Основные современные технологии NGS

Существует несколько методов NGS различных по принципам секвенирования, но так или иначе любой способ начинается с приготовления библиотеки ДНК (определяет 90% успеха секвенирования). Наиболее популярные сейчас технологии NGS не позволяют читать непосредственно геномную или кДНК и предполагают амплификацию исходных молекул. Образец ДНК, определенным образом фрагментированный и амплифицированный, называется библиотекой случайных фрагментов ДНК для NGS.

 А-эмульсионная ПЦР; Б-мостиковая ПЦРПодготовка библиотеки обычно включает следующие этапы: выделение и очистка ДНК/РНК — количественная оценка (с использованием флуориметра, наноспектрофотометра либо ПЦР в реальном времени, цифровой ПЦР) — фрагментирование (нарезка на фрагменты определенной длины путем расщепления ультразвуком или ферментами) - оценка качества фрагментированной ДНК (оценка длин фрагментированной ДНК обычно проводится с использованием систем капиллярного электрофореза на чипе, кроме оценки степени разрушения исходной ДНК это же оборудование можно использовать для выявления димеров, праймеров и не сработавших адаптеров, а также определения размеров полученной библиотеки) — предварительная амплификация библиотеки (не более 13-15 циклов, требуется в том случае, если количество исходной ДНК гораздо ниже рекомендуемого) — отбор фрагментов нужной длины (необходим для повышения качества секвенирования, наилучшим решением на этом этапе является использование специальных систем препаративного электрофореза) — лигирование адаптеров — клональная амплификация (мостиковая или эмульсионная ПЦР). Приготовление библиотек возможно вручную либо автоматизированно.

Секвенирование синтезом (принцип метода)Секвенирование синтезом (технология «Solexa») — секвенирование осуществляется с использованием четырех меченых разными флуорофорами нуклеотидов, 3′-конец которых заблокирован (обратимые терминаторы), что не позволяет включать ДНК-полимеразе в синтезируемую цепь более одного основания за цикл. Процесс секвенирования идет циклически, параллельно, на множестве чипов. Каждый цикл состоит из следующих этапов:

  • внесение всех типов нуклеотидов в проточный чип с ПЦР-продуктами (после мостиковой ПЦР);
  • включение ДНК-полимеразой одного меченого нуклеотида и вымывание остальных;
  • детекция флуоресценции от каждого ПЦР-продукта;
  • снятие 3′-блока вместе с флуорофором (промывка).

Принцип технологии Ion TorrentПолупроводниковое секвенирование (технология Ion Torrent) - секвенирование начинается с отжига праймера, комплементарного адаптеру на одном из концов библиотеки ДНК. Затем к синтезируемой цепи ДНК по очереди добавляют обычные трифосфаты (dNTP). Если добавленный нуклеотид оказывается комплементарен матрице, ДНК-полимераза встраивает его в цепь, при этом выделяется протон (H+), вызывающий изменение pH раствора, которое детектируется. Если нуклеотид не подходит, сигнал отсутствует. После каждого добавленного в реакцию нуклеотида прибор выполняет промывку системы для очистки от остатков, не включившихся dNTP данного типа. В настоящее время в Ion Torrent устранены трудности с детекцией гомополимерных участков (ослабление дискретности сигнала в случае протяженного мононуклеотида, например TTTTTTT, в связи с чем становится сложно определить, сколько именно нуклеотидов (5, 6 или 7) присутствует в последовательности). Важным отличием полупроводникового секвенирования от других популярных методов является отсутствие оптического детектора сигнала, что значительно упрощает и удешевляет конструкцию прибора.

Пиросеквенирование — регистрация акта присоединения нуклеотида по образующемуся пирофосфату. Метод основан на синтезе новой ДНК-цепи на иммобилизированной анализируемой ДНК-матрице с участием ДНК-полимеразы в присутствии праймера при последовательном добавлении каждого из dNTP. При встраивании нуклеотида стехиометрически высвобождается пирофосфат (PPi). Он активирует каскад химических реакций, в результате возникает световой сигнал, интенсивность которого прямо пропорциональна числу включенных в цепь нуклеотидов (если подряд идут несколько одинаковых нуклеотидов, сигнал будет ярче). Свет регистрируется камерой и далее анализируется компьютерной программой. Невстроенные нуклеотиды подвергаются деградации ферментом апиразой, и реакция начинается с новым нуклеотидом. Серьезной проблемой метода являются трудности с детекцией гомополимерных участков.

Другие технологии NGS (в настоящее время мало распространены)

  • 454 Life Sciences (один из вариантов пиросеквенирования);
  • секвенирование лигированием (технология SOLID).

Области применения NGS-секвенирования

Области применения NGS-секвенирования: секвенирование геномов de novo; идентификация бактерий и патогенных грибов; выявление и подтверждение мутаций; выявление и подтверждение гетерозиготности; выявление и подтверждение SNPs; сравнительное секвенирование; HLA-типирование; генотипирование ВИЧ для идентификации мутаций устойчивости к лекарственным препаратам; онкогенетика, популяционная и географическая генетика (миграции генов в популяциях), идентификация личности по SNP-маркерам; молекулярная филогенетика (систематика живых организмов) и др.

Критерии выбора NGS-секвенатора

  • Максимальная производительность (от 1 гигабазы у небольших приборов до 100-120 гигабаз у самых высокопроизводительных);
  • постоянная или переменная производительность (возможность использования чипов разной производительности на одном приборе);
  • способ подготовки библиотек - ручной или автоматизированный (незаменим при большом потоке образцов);
  • время, необходимое на 1 запуск (от нескольких часов до двух суток);
  • длина прочтений: более короткие чтения (до 200 п.н.) позволяют работать с деградированной ДНК, но сборка генома из них сложнее чем из более длинных прочтений (400-600 п.н.);
  • количество прочтений за запуск (от нескольких миллионов до сотен миллионов);
  • точность прочтений.

Наличие Регистрационного удостоверения РосЗдравНадзора уточняйте у специалистов Диаэм.


Ваш заказ будет обработан
в ближайшее время.
Мы пришлем уведомление, как только все будет готово. Спасибо!